Zbirka zastava i signalnih zastava jedna je od brojnijih zbirki iz fundusa Muzeja. Najstariji predmeti potječu iz druge polovice 19. stoljeća, i to su zastava ratne i trgovačke mornarice Austro-Ugarske te zastava Pelješkoga pomorskog društva.
Iz razdoblja partizanskog rata na moru 1941. – 1945. godine Muzej, jedini u Hrvatskoj, posjeduje dvije zastave s partizanskih brodova iz Makarskog primorja iz 1942. godine. Riječ je o zastavama koje su se koristile prije ustanovljenja službenih zastava ratne i trgovačke mornarice nove Jugoslavije u prosincu 1943. godine.
Budući da je građa najvećim dijelom naslijeđena od Vojno-pomorskog muzeja JRM, razumljivo je što gotovo cijelu podzbirku čine vojnopomorske zastave, komandne zastave i plamenci te rangovne zastave brodova bivše države.
Posebnu podzbirku također čine zastave i stolne zastavice brodarskih poduzeća, od zastave Jadranske plovidbe d.d. iz Sušaka iz prve polovice 20. stoljeća sve do nove zastave Splitske plovidbe d.d., dizajnirane u samostalnoj Hrvatskoj.
Voditeljica zbirke: Daniela Kušpilić, kustosica
https://hpms.hr/index.php/odjeli-i-zbirke/odjel-pomorsko-kulturno-povijesnih-zbirki/zbirka-zastava-i-signalnih-zastava#sigProGalleria4156b8cad3